Ich bin nicht so ganz auf dem laufenden, was die aktuellen Standards angeht, aber kann natürlich auch sein, dass die neue Box da irgendwas rausschickt, womit der alte Repeater halt nicht klar kommt. Die neue Fritzbox ist ja die AX wie Du schriebst, vielleicht wirfst Du mal einen Blick auf die Wikipedia-Seite:
https://de.wikipedia.org/wiki/IEEE_802.11ax
Keine Ahnung, ob sich das irgendwie mit den älteren Standards ins Gehege kommt. Wenn es "nur" auf ein stabiles WLAN ankommt und nicht so sehr auf Geschwindigkeit, würde ich einfach mal schauen, ob man der neuen Fritzbox ggf. den AX/Wifi6-Kram abgewöhnen kann, damit man mal testen kann, ob sich die Situation dann verbessert. Wäre natürlich auch eine Möglichkeit erstmal "alles" runterzuschalten und dann step-by-step wieder diverse Dinge zuschalten, um zu sehen, wie sich das Konstrukt dann bei den jeweiligen Änderungen verhält.
EDIT: Eventuell noch unterschiedliche Einstellungen zwischen 2,4Ghz und 5Ghz Netz? (WPA2/WPA3, etc.)